Bilindiği üzere en genel tanımıyla, biyolojik arıtma; atıksu içerisinde fiziksel ve kimyasal proseslerde giderilemeyen organik maddelerin, besin ve enerji kaynağı olarak mikroorganizmalar tarafından kullanılıp atık sudan uzaklaştırılmasıdır.

Biyokimyasal süreçler sonunda organik maddeler mikroorganizmalar tarafından CO2 ve H2O’ya dönüştürülür. Organik maddenin yanı sıra azot ve fosfor gibi besi maddeleri de biyolojik arıtımda giderilir.

Çözünmüş ve partikül halde biyolojik olarak parçalanabilen organik maddeyi H2O, H2S, CO2, CH4 gibi son ürünlere dönüştürmek veya okside etmek,
Çökemeyen ve askıda kalan katı maddeleri floga dönüştürmek veya biyofilm tarafından yakalanmasını, Azot ve fosfor gibi nütrientleri dönüştürmek ve uzaklaştırmak, Bazı durumlarda spesifik iz organik bileşenleri ve bileşikleri uzaklaştırmak. Bu 4 temel amaç en genel anlamda evsel atık sular için geçerlidir. Endüstriye atık sular için amaç; organik veya inorganik bileşiklerin giderilmesini sağlamaktır. Endüstriyel atık sularda bulunan bileşiklerin bazıları mikroorganizmalar için toksik olduğundan dolayı endüstriyel atık sular evsel kanalizasyon sistemine deşarj edilmeden önce ön arıtıma tabii tutulmalıdır.